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Klonierung und Charakterisierung von Mikrosatelliten aus dem Pflanzen- und Pilzgenom


Project Details
Project duration: 01/199812/2010


Abstract
Genomische Mikrosatelliten, auch als 'simple sequence repeats" (SSRs) bezeichnet, bestehen aus tandemartig hintereinander angeordneten, kurzen DNA-Motiven von ca. 1-5 Basen. Aufgrund einer Reihe typischer Charakteristika eignen sich Mikrosatelliten hervorragend als molekulare Marker: (1). Mikrosatelliten gehören zu den variabelsten DNA-Sequenzen überhaupt, hauptsächlich infolge einer flexiblen Anzahl der einzelnen Sequenzbausteine (variable number of tandem repeats; VNTR). (2) Mikrosatelliten kommen ubiquitär und in großer Anzahl in allen bisher untersuchten Eukaryontengenomen vor. (3) Mikrosatelliten sind mehr oder weniger gleichmäßig über das Gesamtgenom verteilt; darauf beruhende Marker eignen sich daher besonders für die Erstellung genetischer Karten. (4) Die große Mehrzahl von Mikrosatelliten ist vermutlich funktionslos ('junk' DNA), und daher selektionsneutral. Die heute gängigste Strategie zur Entwicklung molekularer Marker auf der Basis von Mikrosatelliten-Polymorphismen beruht auf der lokusspezifischen Amplifikation individueller Mikrosatelliten mit Hilfe flankierender Primer und der Polymerase-Ketteneaktion (PCR). In den vergangenen Jahren haben wir und unsere Kooperationspartner Mikrosatelliten aus einem weiten Spektrum von Pflanzen- und Pilzarten isoliert, sequenziert und charakterisiert, darunter der Kichererbse (Cicer arietinum), zwei Pelargonienarten (Pelargonium hortorum und P.peltatum), Kiwi (Actinidia deliciosa), Simarouba amara (eine Baumart der neotropischen Regenwälder), Macaranga pearsonii, M. gigantea, M. indistincta, M. hypoleuca und M. tanarius (fünf Arten tropischer Ameisenpflanzen), Suaeda maritima (der Strandsode), Spergularia media (der Flügelsamigen Schuppenmiere), Mycosphaerella fijiensis (ein pilzliches Pathogen der Banane) und Ascochyta rabiei (ein pilzliches Pathogen der Kichererbse). Unsere Ziele sind (1) eine Entschlüsselung molekularer Mechanismen der Mikrosatellitenevolution und (2) die Entwicklung PCR-gestützter molekularer Marker für verschiedene Anwendungsgebiete, wie z.B. genetische Kartierung (Kichererbse, Kiwi, Ascochyta), DNA-Fingerprinting bei Nutz- und Zierpflanzen (Kichererbse, Pelargonium) sowie populationsgenetische Untersuchungen (Simarouba amara, Macaranga-Arten, Spergularia media). Darüber hinaus wurden Methoden entwickelt, die die Erzeugung und Anwendung von Chloroplasten-Mikrosatelliten (cpSSRs) erleichtern (Weising und Gardner 1999; Guicking et al. 2008).


Research Areas



Publications
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1999
1999
1999
1998
1997
1997
1996

Last updated on 2017-11-07 at 14:00